Sinopse: No futuro, o mundo deu uma guinada para o pior. A civilização está á beira da extinção. Toda a esperança de um futuro melhor tem sido camuflada em uma incerteza no escuro. Um homem mascarado, no entanto, acha que pode fazer algo sobre isso. Vendo seu mundo desmoronar no caos, o maníaco mascarado conhecido como Paradox, encontra uma maneira de viajar no tempo para que ele possa eliminar o flagelo que ele acredita ser o responsável por essa destruição - Maximilliam Pegasus,
Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Com isso, começa á reescrever o futuro, apagando da memória um card por vez. Contudo, ele não esperava encontrar três duelistas, que duelarão em equipe com o seu coração para eliminar Paradox e mostrar-lhe que o mundo ainda pode ser salvo. Pela primeira vez, Yugi, Jaden e Yusei, duelam juntos em um duelo que vai decidir o destino do Passado, Presente e Futuro!